До V века до Р.Х. портом Афин служил залив Фалиро. Первым, кто в полной мере понял значение Пирея и сделал его основным афинским портом, был Фемистокл, который построил крепостные стены Пирея. Их возведение продолжалось с 493 по 479 год до Р.Х. Позднее фортификационные сооружения были завершены Периклом, который соорудил так называемые Длинные стены, защищавшие с обеих сторон дорогу из Афин в Пирей на всем ее протяжении. Стены тянулись на протяжении полутора миль, следуя за впадинами его скалистых берегов и включая в себя все три бухты Аттического полуострова, которые были удобны для стоянки флота. При устье гавани Пирея возвышались друг против друга по две башни на таком близком расстоянии, что вход в гавань мог быть с легкостью прегражден цепями, - это были морские ворота Пирея и всей Аттики. Толщина стен была приблизительно 16 футов; они были сложены из прямоугольных плит без использования соединительных материалов. Высота стен при Фемистокле достигала тридцати футов. Пирейские бухты закрытые, они прекрасно защищены от волн и ветров. Афиняне еще больше сузили входы в бухты, построив по обеим сторонам входов каменные насыпи. Гавани стали совершенно безопасными в шторм и непогоду. На ночь входы запирались цепями, чтобы предотвратить вторжение вражеских кораблей. Военные корабли стояли во всех пирейских гаванях, но главной военно-морской базой Афин стала Зея. В эту гавань чужеземцам вход был запрещен. Каменная стена защищала гавань и военный флот от пожара и от любопытных глаз. Вдоль берега находились доки - большие помещения, нависавшие над водой. Триеру вводили в док, подвешивали на канатах и просушивали, чтобы она не гнила. Мастера смолили и конопатили корабли. Рядом находились склады, где хранились весла и мачты, деревянные рули, железные цепи и якоря. В Пирее находились две военные и одна торговая гавани. В военных гаванях находилось около 400 триер. Узкие входы в гавань запирались железными цепями. Со стороны суши каменные стены ограждали гавани, защищая их от любопытных. Размещенный в гаванях афинский флот был самым сильным в Элладе.