Организация всех приказов была приблизительно одинакова. Они состояли из присутствия и канцелярии. Присутствие состояло из начальника приказа (часто члена Думы) и «товарищей». Они назывались судьями и были подчиненными по отношению к начальнику, поэтому, будучи по форме коллегиальным, приказное присутствие на деле таковым не являлось: дела решались не большинством присутствующих, а по усмотрению старшего.
Ведомство каждого приказа создавалось вследствие исторической потребности в новом органе. Одни приказы ведали во всех отношениях какой-то территорией государства (Сибирский приказ, Костромская четь и т. д.), другие – управляли определенной категорией населения (Приказ холопий – холопами, Стрелецкий – стрелецким войском и т. д.); третьи заведовали определенным родом дел (Разбойный – уголовной юстицией, приказ Большой казны – финансами, Разрядный – военными делами, Посольский – дипломатическими сношениями и т. д.).