Стефан родился в городе Великий Устюг. Это город в Вологодской области на севере России. В XIV веке русские города здесь были островками в коми-зырянском окружении. На эти земли претендовали, с одной стороны, Новгород, с другой — Москва.
Дальше к востоку, у реки Камы, начиналась Пермь Великая. Жившие там лишь по слухам знали о русских людях. Это была чужая сторона.
Стефан был сыном певчего в церкви Симеона. Возможно, отец и обучил сына грамоте, и тот весьма преуспел в учении. Много времени мальчик посвящал чтению Священного Писания, чем и сформировал свой аскетический образ жизни. Родителям стало понятно, что сыну одна дорога — в монахи.
Юноша отправился в Ростов, где постригся в монастыре Святого Григория Богослова, настоятелем которого был грек Парфений. У него Стефан научился греческому языку. Вряд ли в Северо-Восточной Руси в то время были другие люди, владевшие греческим и пермяцким языками.
Только Стефан мог всю греческую ученую премудрость передать язычникам коми. Причем в библиотеке он читал не только богословскую литературу, но и труды философов Платона иАристотеля, трагедии Эсхила и Софокла.