Петропавловский собор - это здание, а кремль - это общее понятие, оно подразумевает город, окружённый крепостной стеной с бойницами и башнями (так было издавна) . Самый известный из кремлей - Московский, его часто называют просто Кремль
Московский Кремль - это исторический комплекс, ограниченный Кремлевской стеной, на территории которого есть и соборы и дворцы и множество других строений
Таким образом, сравнить можно было бы Петропавловскую крепость и Московский Кремль (или какой-нибудь еще кремль, например, в Великом Новгороде) или Петропавловский собор с каким-либо из соборов или башен кремля, но нельзя сравнивать собор с кремлем, это разные понятия