Работу над оперой Мусоргский начал в октябре 1868, используя для написания либретто текст Пушкина и материалы «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина. Тема — период правления царя Бориса Годунова, c 1598 по 1605, непосредственно перед началом «Смутного времени». В выбранном историческом эпизоде композитора привлекала возможность отразить отношения царя и народа, представить народ и царя в качестве главных действующих лиц. Мусоргский писал: «Я разумею народ как великую личность, одушевленную единой идеей. Это моя задача. Я попытался решить её в опере».
Опера была завершена в конце 1869 года и представлена в Дирекцию императорских театров.