Пюхаярв является крупнейшим на Отепяэской возвышенности озером, его длина 3,5 км, максимальная ширина 1,6 км, максимальная глубина 8,5 м, площадь 292,6 га, протяженность береговой линии 16,4 км. Берега озера изобилуют родниками, в южной оконечности озера Пюхаярв берет начало река Вяйке-Эмайыги (Матерь-река).
Есть легенды о возникновении этого озера. Одна из них гласит: в этой местности было много дубовых рощ. Одну из них называли священной дубравой. Однажды пришла с большим рокотом огромная туча и остановилось в небесной выси, почти над священной дубравой. Люди смотрели на него и сказали: "Шумит она в небе, как наша священная роща на земле". Тотчас туча с большим шумом упала на землю рядом с дубравой, а образовавшееся озеро стали называть Пюхаярв.