На Запоріжжі Іван Підкова з'явився у 1556 році, привівши зі собою цілий козацький полк. Брав участь у морських походах під проводом Самійла Кішки. Пізніше водив козацькі флотилії самостійно і спалював передмістя татарських приморських поселень. Очолювані ним козацькі загони завдали поразок татарам під Очаковом, Кафою, Ґьозловом.
Певний час був запорізьким гетьманом.
Пам'ятник Іванові Підкові під Тарасовою горою (Канівський район, Черкаська область)
На початку листопада 1577 року Іван Підкова при підтримці козацького загону на чолі з гетьманом Яковом Шахом почав боротьбу проти ставленика Туреччини, молдовського господаря Петра VI Кривого. Козацьке військо розгромило загони Петра Мірчича, 30 листопада 1577 року визволило Ясси. Іван Підкова був проголошений молдавським господарем, Яків Шах із козацьким загоном повернувся на Січ.
1578 р. війська Османської імперії увійшли до Молдови.