Рассмотрен актуальный вопрос о принципах организации геномов особей и принципах их реализации в ходе онтогенеза. Показано, что геном – это совокупность программ последовательного пошагового, поклеточного строительства всех органов и членов особи, вложенных, точнее наложенных одна на другую. При этом, каждая клетка особи на первых этапах онтогенеза закодирована в геноме индивидуально. Рассмотрены принципы, заложенные в программу онтогенеза. Онтогенез — это формализованная процедура считывания генома, строгий и однозначный алгоритм поклеточного последовательно — параллельного строительства за счёт реализации на каждом шаге процедуры «деление – неделение – специализация», использования иерархии кластеров управляющих генов и эпигенетических механизмов (маркеров). Дано объяснение роли и функций т.н. «эволюционного мусора» — «некодирующих» участков ДНК, в частности однокопийных ДНК (около 75% генома) и диспергированных участков ДНК (около 15% генома) в реализации этого грандиозного программного проекта.