Первоначально переулок назывался Аптекарский, так как проходил мимо аптекарского огорода, заложенного в 1706 году по указу Петра I для выращивания лекарственных растений. В 1805 году огород был передан Московскому университету, и с тех пор здесь Ботанический сад МГУ. Название Протопоповский (Протопопов) возникло в первой половине XIX веке по фамилии домовладельца, коллежского асессора И. Г. Протопопова (по другим сведениям, домовладельцем был священник храма Животворящей Троицы при Пятницком кладбище Фёдор Симеонович Протопопов) . С 1924 по 1992 года — Безбожный переулок. Переименование было произведено для противопоставления религиозному звучанию прежнего названия (протопоп — священник высшего чина) , а также в связи с тем, что здесь располагалась редакция журнала «Безбожник» . Анекдотичность этого переименования переулка в Безбожный состояла в том, что его прежнее (и нынешнее) название не было религиозным. как-то так