Первое, самое главное отличие: у прокариота нет ядра, в отличии от эукариота, у которого оно есть. Генетическая информация у эукариота хранится в ядре, а у прокариота - в особой области клетки (нуклеоиде), не отделённой от цитоплазмы.
Второе отличие: у прокариотов рибосомы мелкие, а у эукариотов - покрупнее. Также у эукариота больше различных органоидов, чем у прокариота.
Есть множество других критерий: размер, размножение, жизненный цикл, клеточная стенка и т. п.