2 причины: 1. Изначально в кириллице буква «ы» отсутствовала. 2. Звуки [ж], [ш], [ц] в старославянском языке были полумягкими, а поэтому требовали после себя написания «и». Со временем появилась буква «ы» как лигатура: ь («ерь») + i (и). А звуки [ж], [ш] стали твёрдыми. Но написание «жи», «ши» сохранилось. Это правило «традиционного» написания как то так что ли