Берёт река начало на Северном Урале, в юго-восточной части Республики Коми, и течет сперва преимущественно на юго-запад. От истока до устья реки Уньи Печора имеет горный характер. У посёлка Якши (после впадения реки Волостница) поворачивает на север и течёт по Печорской низменности до Усть-Усы. После устья реки Усы поворачивает на запад, образуя широкое колено с двумя большими излучинами. Ширина русла здесь достигает 2 км, в долине появляются обширные пойменные луга. В районе Усть-Цильмы (после впадения рек Пижмы и Цильмы) Печора снова поворачивает на север, на этом участке её широкая пойма изрезана многочисленными протоками («шарами» ) и старицами.
Примерно в 130 км от устья Печора делится на два рукава — восточный (Большая Печора) и западный (Малая Печора) . Ниже, в районе Нарьян-Мара, река образует дельту шириной около 45 км и впадает в Печорскую губу Печорского моря.
Сгонно-нагонные течения распространяются на юг до села Оксино