Семь лет царевна Софья Алексеевна фактически возглавляла правительство, в которое входили умные и властные" вельможи типа Ф. Л. Шакловитого и любимца царевны В. В. Голицына. Последний осуществит в 1686 г. задуманное Софьей заключение «Вечного мира» с Польшей. Это был крупный внешнеполитический успех, и Софья воспользовалась им: наряду с именами царей в официальных документах стали упоминать и ее имя. В 1689 г. по инициативе правительства Софьи был заключен также Нерчинский договор с Китаем, позволивший России расширить владения по берегам Амура. Софья Алексеевна не уставала превозносить своего галантного фаворита и способного дипломата, однако В. В. Голицын оказался никуда не годным военачальником: оба похода его в Крым - в 1687 и 1689 г. - оказались неудачными. Надежды Софьи на подавление «крым-цев» , разбойные вторжения которых беспокоили жителей южных границ России, не осуществились.
Во внутренней политике царевна Софья Алексеевна не раз проявляла свой властный характер. В 1682 г. было жестоко подавлено восстание стрельцов. Попытки воеводы князя И. А. Хованского, возглавлявшего Стрелецкий приказ, поднять стрельцов на бунт против царевны Софьи не увенчались успехом, князь был схвачен и казнен. Расправилась Софья и с раскольниками. Образованная правительница не побоялась самолично вести «прения» с ними, обвиняя в «дерзостном злоречии» . К лету 1682 г. предводители московских «старолюбцев» были арестованы и сложили головы на плахе.