Приход Шуйского к власти усилил борьбу среди боярства и между южным и столичным дворянством, что привело к восстанию под руководством И. Болотникова. В борьбе с ним Шуйский выдвинул программу консолидации всех слоев класса феодалов, учитывая их интересы в политике по крестьянскому (Уложение 9 марта 1607), холопскому (указы 1607—1608), земельному и финансовому вопросам.Отдельные уступки в законодательстве о холопах были направлены на раскол лагеря восставших. Сплочение класса феодалов к весне 1607 и поддержка крупнейших городов Поволжья и севера позволили Шуйскому в октябре 1607 разгромить восстание. Но уже в августе 1607 начался новый этап польской интервенции в России (Лжедмитрий II). После поражения под Волховом (1 мая 1608), правительство Шуйского было осаждено в Москве. К концу 1608 многие районы страны оказались под властью Лжедмитрия II. В феврале 1609 правительство Шуйского заключило договор со Швецией, по которому за наём шведских войск уступало часть русской территории.К концу 1608 года Шуйский не контролировал многие регионы страны. Выборгский трактат начала 1609 года обещал территориальные уступки шведской короне в обмен на вооружённую помощь царскому правительству (см. поход Делагарди). Командование русско-шведской армией принял на себя князь М. В. Скопин-Шуйский.