Молекула делится на атомы, Атом состоит из ядра и электронов,а ядро-из протонов и нейтронов,Почему нельзя сказать,что вещества состоят из
протонов,электронов и нейтронов?

потому что вещества все разные и тогда будет трудно объяснить чем одно вещество отличается от другого вещества если они состоят все из протонов нейтронов и электронов
По определению молекула - мельчайшая частица вещества которая повторяет все хиимические свойства данного вещества