Археоптерикс занимает промежуточное место между птицами и пресмыкающимися.
Строение таза, ребер, челюсти, которые имеют зубы, длинный хвост (более 20 позвонков) и сами позвонки двояковогнутые по форме - все это роднит археоптерикса с пресмыкающимися.
Но тем не менее строение конечностей и черепа такое же как у птиц. В запястье археоптерикса присутствует полулунная кость, такая же как в скелете современных птиц. Другие кости запястья и кости пясти не срастались в общую кость (пряжку), в отличие от современных птиц.
А так же перьевой покров тела. Что является главной причиной отношения археоптерикса к птицам. Есть маховые и рулевые перья. Киль отсутствует. У ученых нет единого мнения, мог ли археоптерикс летать сам, махать крыльями или мог только планировать.