1) Сердце. У моллюсков, у брюхоногих, по крайней мере, оно трехкамерное, но может встречаться и другое количество камер. У насекомых же сердце в форме трубки. У рака оно, кажется, двухкамерное и находится на спинной стороне тела ( а у моллюсков - нет).
2) Дыхательная система. Брюхоногие моюски дышат ктенидиями (но не все), двустворчатые - пластинчатыми жабрами, головоногие - жабрами. У членистоногих у некоторых есть жабры (у раков, например), но у большинства трахеи (насекомые), а у некоторых есть трахеи и легочные мешки (паукообразные).
3) Разные покровы (у моллюсков есть мантия, у членистоногих - хитиновый покров).
4) Органы чувств различаются (глаза, щупальца).
5) У насекомых довольно подвижные конечности со сложно устроенными суставами, у моллюсков - нет (есть нога, да и то не у всех).
Есть еще некоторые отличия