Почему в вопросе ,,What is your name?" перед ,,your" стоит ,,is"? А правила в учебнике говорят что перед ,,you" всегда ставится ,,are"?

Is стоит перед YOUR NAME (твое имя). Если мысленно заменить его местоимением то будет it, а к it относится is

What is your name?your name (твое имя) = it (оно)
глагол is относится к слову "имя", т.е. правильно использована форма глагола в 3м лице, ед. числе