Засвоєння сонячної енергії іїї передачу на потреби біохімічних реакцій здійснюють особливі забарвлені речовини – пігменти. Їх загальною рисою є оптична активність, тобто здатність поглинати сонячні промені у тій чи іншій зоні спектру. При цьому у спектрі з'являються так звані смуги поглинання, що відповідають ділянкам, енергія яких засвоєна пігментом.
Для вищих зелених рослин найбільш важливі два зелені пігменти:
1) хлорофіл “a”, що має зеленувато-синій колір і є основним пігментом хлоропластів;
2) хлорофіл “b” зеленувато-жовтого кольору, що входить до складу хлоропластів вищих рослин. Хлорофіл “b” переносить засвоєну ним енергію на хлорофіл “a”.
Найчастіше співвідношення молекул хлорофілу “а” і “b” в хлоропластах становить 3:1.
Крім того, у листках наявні каротиноїди. Вони мають різний колір: жовтий, червоний, помаранчевий. Найбільш поширеним з групи каротиноїдів є каротин β.
Широко представленими є і антоціани – пігменти дуже різноманітного забарвлення. Вони здебільшого містяться у вакуолях. У багатьох із них колір змінюється при зміні кислотності середовища. Підвищеному накопиченню антоціанів сприяє зростання рослин у крайніх умовах існування, саме тому на них багаті рослини високогір'їв і тундри. Кількість антоціанів збільшується за нестачі фосфору, магнію і калію.
У цілому, хлоропласти містять серію численних додаткових пігментів. Не беручи безпосередньо участі у фотосинтезі, вони, проте, важливі для його нормального протікання. Каротиноїди передають енергію засвоєних ними квантів зеленої і синьої частин сонячного спектру хлорофілу “а” і цим покращують його енергетичне забезпечення при зниженому освітленні. За високої освітленості каротиноїди, навпаки, захищають хлорофіл від фоторуйнування.
Основну функцію з поглинання енергії сонячного світла й передачі її на реакції синтезу органічних речовин виконують хлорофіли. Хлорофіл “а” поглинає близько 80% енергії в частині червоних і синьо-фіолетових променів спектру. У зоні зелених променів відбивається 40% енергії. Хлорофіл “b” поглинає в основному промені з довжиною хвилі 650 нм. Зона поглинання променів у синьо-фіолетовій частині спектру в нього дещо ширша, ніж у хлорофілу а