После смерти Алексея Михайловича в 1676г. на престол вступил его сын Федор. К власти пришли Милославские, а Нарышкины (родственники второй жены царя Алексея) были удалены от престола. В конце апреля 1682 г. царь Федор Алексеевич скончался, не оставив наследника. У Федора Алексеевича было два брата: 16-летний Иван, сын от первой жены царя Алексея Михайловича — Милославской, и 10-летний Петр, сын от второй жены — Натальи Нарышкиной. По старшинству преемником должен был стать царевич Иван. На него возлагали надежны Милославские. Опорой Нарышкиных был Петр. Между двумя группировками разгорелась борьба за власть.
Боярская дума и патриарх Иоаким провозгласили царем 10-летнего Петра, а его мать Наталья Кирилловна становилась регентшей. В то же время Милославские сплотились вокруг умной и властной царевны Софьи, шестой дочери Алексея Михайловича от Марии Милославской, сестры Петра и Ивана. По Москве был пущен слух, что Нарышкины задушили царевича Ивана. Утром 15 мая 1682 г. вооруженные стрельцы ворвались в Кремль. Узнав о причине волнения стрельцов, Наталья Кирилловна вывела на крыльцо обоих братьев — Ивана и Петра. Но стрельцов, подстрекаемых Милославскими, уже ничто не могло остановить. Им были подброшены списки “бояр-изменников”, подлежащих уничтожению. На глазах у детей разъяренная толпа стрельцов растерзала Артамона Матвеева, старого воспитателя царицы Натальи, ее брата Афанасия Кирилловича, боярина Долгорукого, думного дьяка Лариона Иванова и многих других. На следующий день стрельцы расправились со вторым братом царицы — Иваном Кирилловичем. Убийства продолжались в Москве несколько дней. Всех оставшихся в живых Нарышкиных по “просьбе” стрельцов выслали из Москвы. Ужас от увиденного, горе матери на всю жизнь оставили след в душе Петра и породили ненависть к стрельцам. По требованию стрельцов первым царем объявили Ивана, вторым царем — Петра, а царевна Софья ввиду малолетства государей объявлялась правительницей.
Правление Софьи продолжалось 7 лет, в течение которых Иван и Петр считались царями, но никакой роли в политических делах не играли, Возглавлял правительство фаворит Софьи князь Василий Голицын. Еще при царе Федоре Голицын предложил отменить местничество, сделать армию регулярной. Он руководил Посольским приказом, заключил “Вечный союз” с Польшей. Это был большой внешнеполитический успех правительства Софьи. При Софье была открыта Славяно-греко-латинская академия. .
Отношения Софьи и Петра всегда были напряженными. Софья понимала, что в ближайшие годы она должна будет отдать власть братьям, а сама уйти в монастырь. В начале 1689 г. царица Наталья женила Петра на Евдокии Лопухиной. По тогдашним понятиям женатый человек становился совершеннолетним и не нуждался в опеке. Глава Стрелецкого приказа Федор Шакловитый подговаривал стрельцов убить Петра. Понимая, что обстановка может быстро измениться не в ее пользу, Софья предприняла несколько попыток примириться со сводным братом, но все они закончились неудачей. Вскоре ей пришлось выдать Шакловитого, который был казнен. Василий Голицын был отправлен в ссылку, Софья заточена в Новодевичий монастырь. Царь Иван остался в стороне от событий. Он умер в 1696 году. Началось самостоятельное правление Петра I.