На сегодняшний день, состояние реки Кубань не самое хорошее. На это повлияли как природные, так и антропогенные факторы: судоходство, агропромышленность, канализационные стоки, сброс отходов предприятий и комбинатов. В реку ежедневно сбрасываются тонны таких загрязняющих веществ, как: железо, фенолы, цинк, медь, тяжёлые металлы и нефтепродукты.
Для решения экологических проблем Кубани, необходимо сократить сброс химикатов и промышленных отходов в водный бассейн реки. В противном случае, это приведёт к гибели представителей флоры и фауны этого водоема.