А в воде, как в увеличительном стекле, сияние было ярче.
Почему ставятся запятые и каким членом предложения является "как в увеличительном стекле"?

как в увеличительном стекле - сравнительный оборот, в данном предложении - обстоятельство.

Сравнительные обороты, начинающиеся союзом как, выделяются запятыми, если обозначают уподобление.