Пищеварительная система планарий, а в частности — её необычный глотательный аппарат. Расположен он под брюшком, и способен резко выдвигаться, когда планария пытается поймать добычу. Примечательно в нём то, что даже будучи отсоединённым от остального тела, этот аппарат способен какое-то время существовать и даже пытаться проглотить пищу. Кишечник планарий разветвлён, как и у большинства плоских червей, и не имеет анального отверстия — все, что не переварилось, выбрасывается червём назад, через ротовое отверстие. Железистые клетки кишечника выделяют пищеварительные соки, посредством которых и переваривается пища.
Нервная система планарий (ортогон) представлена скоплениями нервных клеток — парных головных узлов, нервных стволов и многочисленных ответвлений, тянущихся ко всем органам и системам[2].
Кровеносная система отсутствует, полости тела также нет — вместо неё расположены клетки соединительной ткани. Питательные вещества поступают в организм прямо через клетки кишечника, газообмен осуществляется через кожу (поступление кислорода, удаление углекислого газа). Дышат планарии растворённым в воде кислородом. Плоское тело этих животных обеспечивает им очень хороший газообмен.
Выделительной системой служат разветвлённые трубочки (канальцы), пронизывающие тело червя. В каждой клетке имеется пучок длинных ресничек, которые постоянно колеблются. Их называют «пламенными клетками», потому что движение ресничек напоминает язычок колеблющего пламени. Колебание ресничек создаёт ток жидкости в трубочках.
Планарии — гермафродиты, и их половая система включает в себя как мужские, так и женские половые органы в одном организме. Мужские половые органы — это многочисленные семенники, похожие на пузырьки, от которых идут семяпроводы к совокупительному органу. Женские органы — это парные яичники, с яйцеводами в совокупительную сумку. Оплодотворение у планарий внутреннее.